Program Pascasarjana Institut Agama Islam Muhammadiyah didirikan sejak tanggal 25 Juni 2019 berdasarkan Surat Keputusan Rektor nomor: 072/I.3.AU/B/KEP/2019 yang sejak itu mengelola program studi Magister Pendidikan Agama Islam (M.Pd) yang sebelumnya sudah berdiri sejak tanggal 08 Maret 2017 berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama Nomor: 1414 Tahun 2017 yang pada saat itu dikelola oleh Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan Institut Agama Islam Muhammadiyah Sinjai.
Pendirian Program Pascasarjana ini sebagai upaya untuk mengembangkan baik kualitas pelayanan maupun kwantitas mahasiswa dan program studi sehinnga dimasa yang akan datang semakin maju dan berkembang.
